超濾膜的清洗方法一般根據膜的性質和處理料液的性質來確定。通常和反滲透相類似，即先以水力清洗，而后根據情況采用不同的化學洗滌劑進行清洗，例如對電涂材料可以選用含離子的增溶劑，對水溶性有機涂料可以用“橋鍵"型溶劑。

食品工業中蛋白質沉淀可以用朊酶溶劑或磷酸鹽、硅酸鹽為基礎的堿性去垢劑。膜表面由無機鹽形成的沉淀可用EDTA之類的螯合劑或酸、堿加以溶解。

超濾膜的清洗方法分為七個步驟：

1、配制清洗液

2、低流量輸入清洗液

先用清洗水泵混合一遍清洗液，預熱清洗液時應以低流量。 然后以盡可能低的清洗液壓力置換元件內的原水，其壓力僅需達到足以補充進水至濃水的壓力損失即可，即壓力須低到不會產生明顯的滲透產水。低壓置換操作能夠很大限度的減低污垢再次沉淀到膜表面，視情況而定，排放部分濃水以 防止清洗液的稀釋。

3、循環

當原水被置換掉后，濃水管路中就應該出現清洗液，讓清洗液循環回清洗水箱并保證清洗液溫度恒定。

4、浸泡

停止清洗泵的運行，讓膜元件浸泡在清洗液中。有時元件浸泡大約1小時就足夠了，但對于頑固的污染物，需要延長浸泡時間，如浸泡10~15 小時或浸泡過夜。為了維持浸泡過程的溫度，可采用很低的循環流量。

5、高流量水泵循環

高流量能沖洗掉被清洗液清洗下來的污染物，如果污染嚴重，請采用高于表1 所 規定的50%的流量將有助于清洗，在高流量條件下，將會出現過高壓降的問題，單元件允許的壓降為1bar (15psi)，對多元件壓力容器允許壓降為3.5bar(50psi)，以先超出為限。

6、沖洗

預處理的合格產水可以用于沖洗系統內的清洗液，除非存在腐蝕問題(例如，靜止的海水將腐蝕不銹鋼管道)。為了防止沉淀，醉低沖洗溫度為20℃。

7、清洗多段系統

在多段系統的沖洗和浸泡步驟中，可以對整個系統的所有段同時進行，但是對于高流量的循環須分段進行，以保證循環流量不會太低而對后一段不會太高，這可以通過一臺泵每次分別清洗各段或針對每段流量要求設置不同的清洗泵來實現。

及時清洗超濾膜才能保持膜的透過量和壽命，而正確的清洗方法則可以節省時間和減少膜元件在清洗過程中受損。

對于不同的膜組件，可以選用不同的清洗方法，如管式組件可以用海綿球進行機械清洗，中空纖維式組件可以用反向沖洗等。對于食品工業用膜還需進行處理(用NaOH和H2O2等)。

超濾膜是超濾設備的核心元件，被用于超純水制備中的中端處理裝置。由于超濾膜是多空材料，以物理截留的方式除去水中的雜質，所以超濾膜要定期清洗，以保證超濾膜的通過量延長超濾膜的使用壽命。